Ao Serviço de Assistência à Saúde compete dar assistência necessária ao Corpo Docente e Discente e aos funcionários do Colégio, prestar os primeiros socorros de urgência e, quando necessário, encaminhá-los para setores especializados.

O Colégio Bom Conselho mantém convênio com o SOS UNIMED Porto Alegre.