O Colégio Bom Conselho dispõe de 3 Laboratórios de Ciências, divididos em: Laboratório de Física, Laboratório de Química e Laboratório de Biologia e Ciências Naturais.
Os Laboratórios de Física, Química, Biologia e Ciências Naturais são salas especiais de experiências e pesquisas científicas, com o uso de materiais próprios e dos equipamentos existentes para o estudo das disciplinas.
Os Laboratórios de Ciências constituem-se meios para desenvolver atividades teórico-práticas, proporcionando aos alunos:
- Conhecimento de diferentes formas de obter informações, levantando, selecionando e confirmando hipóteses, através de observações e experimentos;
- Situações-problema, através de metodologias científicas;
- Desenvolvimento da capacidade de investigar, conhecer e utilizar no dia-a-dia conhecimentos de Biologia, Física e Química;
- Articulação do conhecimento das Ciências com o conhecimento de outras áreas do saber.