A Congregação das Irmãs Franciscanas da Penitência e Caridade Cristã a quem pertence o Colégio Bom Conselho foi fundada no dia 10 de maio de 1835. A Congregação tem como carisma: Confiar na bondade e providência de Deus, reverenciar toda a criação e viver o Evangelho em nosso tempo como São Francisco e Madre Madalena Damen. A Congregação foi fundada por Madre Madalena Damen na Holanda, e segue a espiritualidade de São Francisco e Clara de Assis.

São Francisco nasceu em 1182, na cidade de Assis, Itália. Sua mãe, de origem francesa, educou-o nos costumes da burguesia ascendente na época, e na vivência religiosa católica. Na juventude, Francisco exerceu a profissão de seu pai no comércio. Era um jovem muito alegre, festivo e conquistava a simpatia de muitos.

Dois encontros marcaram o processo de mudança da vida de Francisco: o encontro com o leproso e o encontro com o Cristo crucificado, na Igreja de São Damião. São Francisco viveu a Confraternização Universal. Chamava todas as criaturas de irmãs: irmã água, irmão sol, irmã lua, irmão fogo, irmã e mãe terra... Cultivou uma espiritualidade profunda que o fazia ver Deus em tudo e tudo em Deus. Clara de Assis seguiu o caminho de Francisco, vivendo na alegria e no amor, a pobreza, a humildade e o serviço. Com ele, fundou a Ordem das Irmãs Clarissas.

O amor aos irmãos e a simplicidade de São Francisco despertaram no coração de uma camponesa da Holanda um grande desejo de colocar a sua vida a serviço dos irmãos e das irmãs. Seu nome era Catarina Damen, mais tarde chamada Madre Madalena. Nasceu em 19 de novembro de 1787.

Madre Madalena fez da frase "Deus Cuida" um projeto de vida. Ingressou na Terceira Ordem Secular, que São Francisco fundara para leigos. Em 1825, foi para uma aldeia, no sul da Holanda, onde iniciou uma escolinha para crianças de rua. Sua disponibilidade e bondade no serviço às crianças e aos doentes, logo atraíram outras mulheres dispostas a assumir o mesmo projeto de vida. No dia 10 de maio de 1835, fundou a Congregação das Irmãs Franciscanas da Penitência e Caridade Cristã. A Congregação cresceu rapidamente e expandiu-se pelo mundo. 

Atualmente as Irmãs estão presentes nos seguintes países: Holanda, Alemanha, Estados Unidos, Brasil, Indonésia, Polônia, Itália, México, Tanzânia, Guatemala, Timor Leste, Filipinas, Rússia Branca. No Brasil, as Irmãs Franciscanas chegaram em 1872, quando fundaram o Colégio São José, de São Leopoldo, para servir na educação de crianças e jovens, filhos de imigrantes. O espírito missionário das primeiras irmãs motivou o nascimento de muitas outras obras, especialmente, na educação, na saúde e na assistência social. No Brasil, há duas Províncias: Sagrado Coração de Jesus, com sede em São Leopoldo - RS, e Imaculado Coração de Maria, com sede em Santa Maria - RS.